Dommage que le mot microbes fasse peur car nombre d’entre eux sont bénéfiques et essentiels à notre santé. Arrivés sur terre bien avant nous, ils s’y sont établis par colonies ou microbiotes regroupant bactéries, virus, parasites, champignons vivant ensemble dans un lieu spécifique adapté à leur survie ; ils nous ont colonisés, comme les sols, les océans, les légumes et fruits… dans chaque communauté, ils travaillent, se nourrissent, se multiplient pour agrandir leur famille, tout en dialoguant entre eux et se battent contre les microbes ennemis qui souhaiteraient prendre leur place.

Nous sommes ainsi habités de la tête aux pieds, à l’extérieur au niveau de la peau comme à l’intérieur (tube digestif, cerveau, sang, urines, poumons… : partout !) par un nombre impressionnant de micro-organismes. Si l’intestin représente le lieu de résidence le plus densément peuplé (environ 1012 par g) de notre organisme mais aussi de notre planète (1), c’est qu’ils y trouvent un hébergement et une table de qualité qui correspondent à leurs besoins vitaux. En échange de quoi, ils nous procurent des bénéfices Santé ; nous entretenons avec eux une véritable relation gagnant-gagnant. Mais lorsque gite et couvert sont maladaptés et déstabilisent leur communauté, les problèmes de santé arrivent. En plus de son exigence alimentaire, ce microbiote est très sensible à notre hygiène de vie, mais aussi aux médicaments, aux métaux lourds, aux pesticides, aux additifs…. 

Oubliez le terme « Flore intestinale ». Certes, plus poétique que microbiote, il ne correspond plus à la nouvelle classification du monde des vivants, (2), datant de 1990, séparant les micro-organismes du monde des plantes. 

Ces centaines de milliards d’organismes si petits possèdent des pouvoirs si grands qu’ils vont pouvoir assurer des missions fabuleuses et de ce fait influencer notre santé physique et mentale ! L’un de leurs grands secrets réside en leur immense richesse en gènes* (plus de 3 millions ! nous 23 000 ! (1) qui va leur permettre de fabriquer, tels des petits lutins, des milliers de substances qui vont largement participer aux besoins de notre organisme. Chaque micro-organisme est à lui seul une énorme usine. 

*morceau d’ADN codant pour la synthèse d’une protéine, comme par exemple enzyme, hormone…

Voici quelques exemples de leurs étonnantes missions, pour vous permettre de comprendre pourquoi il nous est impossible de se passer d’eux et de ne pas les chouchouter.

•  La défense de leur territoire, c’est à dire notre intestin.

De par leur abondante présence, et nichés sur des endroits stratégiques, les micro-organismes intestinaux vont empêcher les microbes ennemis de prendre leur place. Ils vont utiliser toute la nourriture à leur profit pour les en priver.  Ils peuvent aussi les bombarder avec des molécules antibiotiques naturelles qu’ils ont fabriquées et si besoin peuvent prévenir leur allié notre système immunitaire.  Ils protègent efficacement la barrière intestinale, notre plus grande frontière avec le monde extérieur, pour éviter qu’elle devienne perméable et laisse passer dans l’organisme des aliments et des microbes indésirables favorisant intolérances alimentaires, maladies auto-immune, obésité…  

•  La maturation et régulation de notre système immunitaire

Sans microbe dans l’intestin, point de système immunitaire performant car en fait il se développerait insuffisamment. Notre système immunitaire, aidé par le microbiote, joue un rôle essentiel pour nous défendre et éviter l’installation d’un état inflammatoire, favorisant de nombreuses maladies. 

•  Leur participation active et irremplaçable à la digestion

Ces micro-organismes possèdent les enzymes nécessaires pour digérer les fibres (contenues dans légumes, fruits, oléagineux, légumineuses et céréales complètes) qu’ils dégradent grâce à un travail en chaine ; Ce que nous ne savons pas faire car nous n’avons pas les enzymes adéquates. La digestion de ces fibres leur permet de se nourrir (c’est leur aliment favori !) et aboutit à des produits étonnants protégeant notre santé : maturation et régulation du système immunitaire et réduction de l’inflammation, apport d’énergie pour l’intestin et tout l’organisme, absorption des minéraux (calcium, magnésium, fer…), protection de la barrière intestinale, contrôle de l’appétit, régulation du métabolisme des sucres et des graisses, fonctionnement du cerveau… Aucun autre aliment ne pourra remplacer les fibres !

Par contre, le microbiote intestinal possède aussi les enzymes pour digérer les protéines ; Nous aussi ! Mais la plupart des Français, dépassant les doses recommandées de protéines animales, une partie de cet excès ingéré non assimilé arrive au colon, et va être transformée par les bactéries en produits potentiellement toxiques (ammoniac, sulfure d’hydrogène…). Cette transformation nocive sera moins importante si beaucoup de fibres sont apportées en même temps. 

• Leur dialogue avec l’organisme, qui leur permet de se mêler de tout

Nos microbes ne parlent pas comme nous ! Pour communiquer avec nos cellules, ils ont leur propre langage, utilisant des molécules biochimiques comme les produits de digestion des fibres. Par exemple, Ils peuvent stimuler nos cellules intestinales pour la fabrication d’hormones modulant la satiété. Ils dialoguent avec le cerveau, pour limiter la réactivité au stress, l’anxiété et la dépression tout en influençant le comportement. Et bien d’autres choses encore …

• La fabrication de vitamines et acides aminés essentiels

Comme de véritables usines de production, ces micro-organismes fabriquent une flopée de vitamines nécessaires à leur santé mais aussi à celle de leur hôte : B2, B3, B5, B6, B7, B9, B12, K2 ainsi que quelques acides aminés essentiels. 

• La détox des médicaments et des polluants

Son arsenal enzymatique étant si grand, que ce microbiote est capable de manipuler et transformer ces substances avec une facilité déconcertante. Il modifie notre métabolisme pour que nous participons à cette détox. (3).  Mais le résultat est le plus souvent imprévisible et parfois déroutant, notamment lors de l’utilisation des médicaments : augmentation de l’activité du produit avec risque de surdosage ou inactivation ? (4). Le devenir de ces produits dépend de la composition du microbiote et de sa fonctionnalité. Le problème est plus complexe qu’il n’y parait puisque molécules toxiques et médicaments peuvent perturber la composition et la fonctionnalité de ce microbiote (3) et le rendre encore plus imprévisible. 

• La contribution active à la régulation du poids

Le microbiote intestinal participe largement à notre métabolisme énergétique. Avec son immense réserve d’enzymes, il va influencer l’absorption des aliments et leur transformation calorique. Et comme le taux d’extraction des calories des aliments varie en fonction de la composition du microbiote, le calcul des calories ingérés devient une méthode très approximative. De plus, en protégeant la barrière intestinale, il évite l’installation d’une inflammation, un facteur clé de la prise de poids. 

Oui, c’est ce que l’on constate dans la plupart des maladies digestives, mais aussi extradigestives comme par exemple les maladies neurodégénératives, le cancer… dans ce cas, le nombre des microbes protecteurs diminue, celui des néfastes augmente, la biodiversité chute : on parle de dysbiose ; ce qui ne permettra pas au microbiote d’assurer toutes ces fonctions essentielles comme par exemple, ce magnifique travail en chaîne dans lesquels interviennent successivement plusieurs types de bactéries bénéfiques pour produire ces molécules nécessaires à notre santé. La baisse de la biodiversité au niveau intestinal est une constante retrouvée par les chercheurs, au cours des maladies chroniques. La planète aussi souffre d’une baisse de la biodiversité au niveau de ses espèces vivantes (faune, flore, micro-organismes). 

Lorsque le microbiote est malade et dysfonctionne, Il a plus de difficulté à limiter l’installation en grand nombre de microbes indésirables pour lui et son hôte. Une sorte de guerre froide s’installe dans l’intestin où les microbes envahisseurs, généralement avides d’aliments trop gras et trop sucrés, prennent le pouvoir, en favorisant perméabilité de l’intestin, inflammation et orientant son hôte vers les choix alimentaires qui leur conviennent (par exemple le sucre). Le pauvre microbiote protecteur, moins riche en nombre et diversité perd le contrôle de la situation ; il ne peut plus accomplir aussi bien ses actes bénéfiques et l’inflammation s’installe.  Nous sommes liés avec nos microbes intestinaux aussi bien dans un état de santé qu’en cas de maladie.

Les grands perturbateurs du microbiote sont les bien connus antibiotiques et les inhibiteurs de la pompe à protons ou IPP, prescrits surtout en cas de reflux gastrique, facile à soigner naturellement (5). De très nombreux autres médicaments peuvent déséquilibrer les espèces bactériennes du microbiote. La médecine de demain nécessitera la connaissance personnalisée du microbiote pour mieux adapter les médicaments.

Attention ! Ceci n’est pas une raison d’arrêter sous un coup de tête vos médicaments, car la maladie aussi peut donner des complications.

Lorsque le microbiote intestinal est malade, la barrière intestinale est mal protégée et devient perméable à des molécules alimentaires mais aussi à des morceaux de bactéries, voir des bactéries entières, qui vont en profiter pour traverser l’intestin et gagner le sang. De là, ils peuvent se rendre aux organes, comme le foie, les muscles et la graisse et déclencher au niveau des cellules immunitaires la fabrication de molécules inflammatoires. Plus la perméabilité est importante, plus l’inflammation sera importante. Or, l’inflammation est une constante retrouvée dans toutes les maladies chroniques dans lesquelles le microbiote est impliquée. Et si tout partait du ventre ? (6)

Le microbiote intestinal impliqué dans de nombreuses maladies digestives et extradigestives

Les ennemis du microbiote intestinal protecteur sont très nombreux et peuvent perturber sa composition et ses fonctions, d’autant plus s’ils s’associent en formant un cocktail maléfique : 

• La carence en fibres (légumes, fruits, céréales complètes, oléagineux, légumineuses)
• L’excès de graisses saturées (beurre, fromage, laitages entiers, viandes)
• L’excès de graisses oméga-6 (surtout produits d’animaux élevés en conventionnel)
• L’excès de graisses trans (viennoiseries, margarine bas prix, gâteaux industriels)
• L’excès de sucres souvent cachés : céréales croustillantes du petit déjeuner, galettes de riz soufflé, confiture, produits industriels ultratransformés aux composants trompeurs « jus de pomme concentré, sucre inverti, jus de fruits, sirop d’érable, jus de canne, bière, purée de fruits, sirop de maïs, sirop de blé, sirop de glucose-fructose, dextrose, maltodextrine, etc. » (7)
• L’excès de produits industriels contenant fructose, édulcorants, additifs
• Les cuissons haute température (four, friture, barbecue) qui génèrent des molécules toxiques 
• L’alcool
• Les cigarettes, contenant des composés toxiques mais aussi des bactéries, affectant aussi le microbiote de la bouche et des voies respiratoire (8)
• Les médicaments (voir plus haut)
• Les polluants comme les pesticides, les bisphénols des emballages plastiques, le PCB (polychlorobiphényle) pouvant contaminer poissons, viandes et produits laitiers 
• L’excès d’hygiène dans la maison avec des produits désinfectants 
• La sédentarité (9), affectant composition, fonctions et diversité du microbiote
• La privation de sommeil, favorisé par le travail, les écrans et les divertissements (10) Inversement, un microbiote sain va favoriser un sommeil de qualité.

La planète est malade dans un contexte d’urbanisation et d’industrialisation rapide de l’environnement humain (11) ; la baisse de la biodiversité de la faune, de la flore, des microbes du sol, de la richesse minérale… est largement constaté. Les sols s’appauvrissent surtout en culture traditionnelle intensive et résultat les végétaux récoltés pour la consommation sont pauvres en nutriments et micro-organismes. Or, les microbes des végétaux peuvent aider le microbiote intestinal. Enfin, les maladies chroniques de l’homme étant devenues très nombreuses, avec comme corollaire une prise de médicaments. Ces derniers, rejetés dans l’environnement contaminent la planète, qui a son tour contamine les espèces aquatiques consommés par l’homme qui se recontamine !

Nichés au fin fond de notre jungle intestinale, nos étonnants micro-organismes, attendent de nous, une belle hygiène de vie leur offrant gite et couvert adaptés à leurs besoins, pour mieux vivre et se défendre des ennemis tout en assurant la protection et le fonctionnement de notre organisme.

Pour cela, il est nécessaire de recourir à une alimentation de type méditerranéenne, à prédominance végétale, colorée et savoureuse, de préférence biologique, riche en fibres (légumes, fruits, céréales complètes, oléagineux, légumineuses), en acides gras bénéfiques (huile d’olive, noix, petits poissons gras…), en protéines végétales (céréales complètes, légumineuses, oléagineux), en antioxydants (légumes, fruits, épices, herbes aromatiques), en plats fait maison, cuisinés à l’étouffé ou à la vapeur. Les aliments fermentés, surtout non cuits, peuvent venir en aide aux micro-organismes intestinaux. 

Et pour complètement le satisfaire : de l’activité physique, un sommeil respecté, des relations familiales et amicales, des contacts avec la nature, pas de tabac, peu d’alcool et le moins possible de plats industriels. (12). Certes des exigences, mais la santé physique et mentale en récompense !

Prévenir et guérir en charmant son microbiote, le challenge de demain ! (13)

Aidez la science pour accélérer la recherche sur le microbiote intestinal

Donnez un brin de vos selles pour participer à cet étonnant projet de recherche Français : « Le french Gut » (lefrenchgut.fr) qui s’est donné comme mission d’étudier le microbiote de la population française afin d’en tirer des conséquences pratiques pour la santé de l’Homme.

• A lire pour aller plus loin avec les livres de l’Auteure : 

• • • Je soigne presque tout avec le régime méditerranéen Ed. T. Souccar. 
    • Maigrir de plaisir en charmant ses bactéries Ed. T. Souccar. 
    • Je rééquilibre mon microbiote. Ed. T. Souccar.
    • Le guide Terre Vivante de la santé du ventre. Ed. Terre Vivante.
    • Soignez naturellement votre reflux. Ed. T. Souccar.

• Références bibliographiques du texte :

•  Rinninella E et al. Microorganisms. 2019 Jan 10;7(1):14. What is the Healthy Gut Microbiota Composition? A Changing Ecosystem across Age, Environment, Diet, and Disease

• Woese CR et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 1990 Jun;87(12):4576-9. Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya

• Collins SL, Patterson AD. Acta Pharm Sin B. 2020 Jan;10(1):19-32. The gut microbiome: an orchestrator of xenobiotic metabolism

1. 1. Pant A et al. Microb Ecol. 2023 Jul;86(1):97-111. Human Gut Microbiota and Drug Metabolism

• Cotinat M. Soignez votre reflux naturellement. Ed. T. Souccar. 2014.

• Cotinat M. le guide Terre vivante de la santé du ventre. Ed. Terre Vivante. 2023

• Cotinat M. je rééquilibre mon microbiote. Ed. T. Souccar. 2022

1. 1. Huang C, Shi G. J Transl Med. 2019 Jul 15;17(1):225. Smoking and microbiome in oral, airway, gut and some systemic diseases

• Longwei Xu et al. Curr Microbiol. 2023 Oct 13;80(12):368. A Sedentary Lifestyle Changes the Composition and Predicted Functions of the Gut Bacterial and Fungal Microbiota of Subjects from the Same Company

• Sun J et al. Int J Mol Sci. 2023 May 31;24(11):9603. Sleep Deprivation and Gut Microbiota Dysbiosis: Current Understandings and Implications

• Tasnim N et al. Front Microbiol. 2017 Oct 6:8:1935. Linking the Gut Microbial Ecosystem with the Environment: Does Gut Health Depend on Where We Live?

• Cotinat M. Je soigne presque tout avec le régime méditerranéen. Ed. T. Souccar. 2024
• Cotinat M. Maigrir de plaisir en charmant ses bactéries. Ed. T. Souccar. 2020

Rédigée par le Dr Martine Cotinat, Gastroentérologue, conférencière, auteure de 15 ouvrages